1944年1月14日，经过激烈争论，斯大林亲自审查并同意了朱可夫有关“水星计划”方案的设想，对中亚作战第一阶段夺回撒马尔罕、杜尚别、比什凯克、塔什干等重要城市、并将德军中亚集群关进费尔干纳盆地的作战结果感到满意，更让他满意的是先前朱可夫发来的检讨电报，电报以朱可夫深切“检讨”的方式，印证了斯大林同志一直以来对内部矛盾处理的高瞻远瞩和英明正确，提高了后者的威望。在政治局会议上，斯大林难得有了几分笑容，非但没借此批评朱可夫当初的幼稚，反而认为他在政治上愈发成熟了，希望他在军事上也能再次力挽狂澜。
为表示信任，斯大林亲自主持最高统帅部会议并通过方案。他还根据朱可夫的请求，将马利诺夫斯基的独立集团军也归入中亚特别方面军建制，同时又咬牙从南线三个方面军中各抽调1个相对精锐的近卫坦克旅加强该独立集团军。除此之外，最高统帅部抽调最精锐的空降兵第1、3、5旅共1万余人组成空降军，由苏军空降兵副司令员扎捷瓦欣少将任军长，军司令部也由空降兵司令部抽人组成，纳入中央方面军序列并归朱可夫直接指挥，要求2周内部署到阿斯特拉罕附近。
由于从撒马尔罕出发前往里海东岸的路程超过1200公里，中间大部分都是戈壁，再加上基层机构已被破坏、为数不多的民众也逃亡殆尽，红军基本不可能就地筹措到补给，为减轻中亚方面军物资供应压力，最高统帅部还将目前所能搜集到的所有运输机都抽调出来用于给向西进攻、拥有40余万之众的进攻集群提供紧急物资补给。幸亏苏军机械化程度远不如德军，最仰仗的还是骡马，否则根本不可能实现远距离调度。
实际上，在中亚作战进攻完全不是难事，难的是物资补给，切尔尼号霍夫斯基审时度势，认为这么大的范围、这么远的距离让部队快速展开是不可能的，他精心抽调3个骑兵师、3个坦克旅和2个机械化军组成10万人的突前攻击部队加速进军，要求2月5日前必须部署到位，其余部队则根据战术部署向前略微推进。由于民众缺失，一路毫无踪迹，如此庞大的军队调动一时间还未被德军所掌握。等朱可夫几天后回到中亚时，他对两人各方面的工作都表示满意。
红军血洗中亚民族政权的消息很快就由舍尔纳报告给了东方联合战区统帅曼施坦因元帅，后者对中亚政权一直不太感冒，再加上天寒地冻、舍尔纳的部队又被堵死在费尔干纳盆地里，便建议等天气好转再想办法。他本以为霍夫曼会对该决定不满，但坚持认为在现在这个气候和时节里，等待才是最好的办法，甚至都做好了抗命的准备。但柏林发来的指示还是出乎意料，上面内容很简单：政治问题不要和军事问题混为一谈。
这句话后面蕴含的含义让人很是费心思考了一番，曼施坦因认为自己把握住了元首的心态：中亚民族政权独立后各种不老实，再加上彼此相互对立、“有枪便是草头王”，乱象纷呈，秩序崩坏，必须有一次整肃过程。让德军来下这个手显然不是很合适，现在既然斯大林愿意出手，那就让他洗吧，只要费尔干纳盆地里不要乱就好。
事实上盆地里由于分属三国，一直都不存在统一的地方独立政权，同样也是彼此攻讦，但舍尔纳可不管这些，进入盆地后立即用铁血手段严格控制了场面，甚至还建立起一整套统治体系，当地民众普遍认为德军给他们带来了渴望已久的秩序和安定，整个盆地不但成为地理上的绿洲，也因为源源不断有人前来投奔而变成了心理上的绿洲。
1月18日，完成一切部署的朱可夫再次返回塔什干坐镇，亲自指挥整个水星战役，紧锣密鼓的调兵遣将准备大干一场。这一天正好也是角田觉治带领二航战出发赴中太平洋进行“武藏破交”的同一天，他的舰队不但得到了全新整治的瑞鹤号航空母舰，而且还得到了新的、拥有折叠翼的Bf-219C战斗机和其他全新的舰载机。
德方根据前线部队的请求和纽芬兰战役中的实际使用情况，决定将Do-412（紫电改）正式列入舰上战斗机、Ju-198（流星改）正式列入舰上攻击机，日本也依据技术合作备忘录得到了相关信息和技术资料，但要拿到实货还要等不少时间，但既然堀悌吉表示5月份才能出击，一切都还完全来得及。
在过去半个月里，新任海军枢密使，兼任军令部总长和联合舰队司令长官两大要职、实际控制整个海军的堀悌吉以天皇诏书为原则、以海军枢密令的方式展开了轰轰烈烈、前所未有的海军大改革：
他第一把火就烧向了1886年就开始实施，已存在半个多世纪的《镇守府条例》，一口气撤销了横须贺、吴、佐世保、舞鹤四大镇守府（舞鹤镇守府曾在1923年降格为要港部，1939年恢复，实力比较弱），全新组建了帝国海军本土战区，各镇守府长官也随即全部下岗。随后，原舰队派骨干、第二舰队提督近藤信竹大将出任本土战区司令长官，宇垣缠担任参谋长，其他岗位在4大镇守府中筛选合适官员进行出任。
简而言之，新组建的帝国本土战区主要划分为整备与作战两大职能，前者是负责舰艇整备补给、新入役舰艇编组、舰员（陆战队）训练、港务航道、各海军机关学校管理等，后者是负责统一指挥驻扎本土的航空队、海上护卫队（水面舰艇和水下舰艇两类）、特攻战队、陆战队、警备队、海兵团等执行防御任务。换而言之，本土战区辖有一切归属于海军的本土作战力量，水面、水上、空中、陆战队、警备队、港口要塞、雷达基地都一体化指挥，但只负责防御职能（进攻职能归属于联合舰队所有）和维护补给职能（主要针对联合舰队）。
改革中还取消了滑稽可笑的舰艇和兵员镇守府归属地限制，海军可进行混乱编组，类似于“吴之雪风、佐世保之时雨”今后将变成回忆。更要紧的是，在原镇守府条例中，镇守府司令长官规定直接隶属于天皇，在军政事务上接受海军大臣领导，在军令事务上接受军令部总长领导。但在改革后，本土战区司令长官和联合舰队司令长官并级，改成隶属于海军枢密使领导，军政、军令事务依然分别归属于海军大臣和军令部总长领导。
这就让各方进一步明确：今后天皇只能抓到枢密使、海军大臣、军令部总长这一级，顶多再加上咨询角色的军事参议官，不能再越过他们直接抓战区长官或联合舰队司令长官，这就等于把天皇的海军指挥权砍掉九成以上，堀悌吉成为名副其实的海军第一人。
原横须贺镇守府长官、海军大将古贺峰一被任命为天皇侍从长，原横须贺镇守府长官、同时也是堀悌吉、山本五十六同期同学的吉田善吾海军大将转任首席军事参议官（不仅算航空派，还难得地赞同堀悌吉的思路），原吴镇守府长官、一直对改革持有反对意见的加藤隆义大将转入预备役，原舞鹤镇守府司令长官（因规模小、地位低，一般只是中将）、与井上成美同期的海军中将大川内傳七转任海军兵学校校长。
这样一来，32期以前的海军将领全部转入预备役，32期只有他、山本五十六和吉田善吾三名现役大将，其余将领也全部退役，随着35期的高须四郎被任命为南洋战区司令长官后，后面33、34、35各期已无将领在联合舰队任职（事实上这三期除极少数例外，已全部退役），堀悌吉之后，联合舰队资格最老的提督变成了36期的冢原二四三，而37期又有呼声最高的小泽治三郎，这就为重新编组联合舰队，真正将作战重心从战列舰部队转为航空母舰部队创造了制度条件。
不过，日本海军这些翻天覆地的变化显然还不被外界所知悉，起码在参联会主席、总统参谋长李海上将和约翰普金斯悄然抵达医院探望病重住院的罗斯福时还未曾提及。
与一个多月前比较起来，罗斯福的气色明显好了很多，各项身体机能也恢复得比较理想，在与两人进行长时间谈话和交流时保持着一致的思维清晰与逻辑连贯。纽芬兰战役初期，一直等待好消息的罗斯福显然经受不了连续失利的刺激，但到了后期，特别是坎宁安用杀敌500，自损1000的战术拼个两败俱伤之后，罗斯福反而恢复过来了，他冷静地思考了整个局面，认为就目前的态势而言，坎宁安的消耗战术居然是唯一可行的方针——纽芬兰、佛得角战役后，损失很大的德国舰队不就不能维持英加航线的高压态势了么？
其实一周前，他的身体就足以支撑他复出*****但罗斯福微笑着拒绝了，他要看一看华莱士的施政手段，但现在的实际无疑让他失望了……