随着越来越多的科学家的到来，整座遗迹也越来越热闹。科学家们愉快的交换着彼此的观点和发现。方舟人类也对这座遗迹充满了好奇，网络上各种观点都有。有人认为这是一座远古文明的公墓，有人认为这是火星文明拿来躲避天灾人祸的避难所，总之，对于火星遗迹的探索进展的新闻一下子就盖过了新玉门关和弹坑市以及废土地球的热点。
这座遗迹有些非常明显的古埃及特色，不管是文字，还是壁画，亦或者是其他的发现。甚至有人认为原本的地球的古埃及文明和金字塔也是火星上的远古文明建立的。但是不管怎么说，这个文明已经废弃了他们的家园，也许是灭绝了，也许是搬家了，总之，没有人知道它们去了哪里。
事实上，科学家和考古学者对这座遗迹的发掘并不顺利。不少遗迹风化严重，轻轻一碰就碎，还有一些入口早就生锈了，拿切割设备又怕损坏里面的文物。这座遗迹实在是太古老了，古老到让人找不到任何一种能够保障里面的珍贵文物的安全的措施。如果是化石那还好说，哪怕是奥陶纪的化石，专家也有信心能保护好。如果是一般遗迹，顶多一两百年或者一两千年那也有办法保护好。可是这是距今一亿年前的遗迹，人类从未发现过如此古老、庞大的遗迹，保护这座遗迹难度甚至比发掘秦始皇陵的难度还大。以前的所有办法也都不适合，那些都是为了保护地球的遗迹，可是这是火星啊，不管是气候还是地质都和地球完全不同。
惠东也很愁，目前发掘的火星遗迹已经和一座百万人口的城市一样大了，而且这还是座地下城，这座遗迹还有数条通往地下的隧道，可是这些隧道不是已经坍塌了，就是找不到入口，要么就是入口大门已经锈死无法打开。智子探测表明地下十公里还有一个半球型的地下空间，这个空间略小，但也它的直径也有两公里左右。而且这座更深处的遗迹内部是绝对真空的，如果贸然打开入口很有可能会对里面的文物造成无法修复的损伤。
在智子探测时还发现这座遗迹里有十几尊巨大的类人型雕像，在惠东把探测器事件转过去后，直接就把喝进嘴里的肥宅快乐水喷出来了，好家伙，隔这儿梦幻联动呢？这不是《新世纪福音战士》里的EVA么？紫色的初号机，蓝色的零号机，红色的二号机，黑色的三号机，还有其他不明机体……
看来，这个远古文明不简单啊，居然真把这些人类YY出来的东西造出来了，就是不知道它们是把这些玩意当神拜，还是拿来当武器的。因为这些雕像周身都覆盖着一层类似能量护盾的玩意，智子这玩意对抗无护盾的目标单位那还好说，对抗有护盾的立马就傻眼了。就是不知道那些EVA迷要是知道了他们还能不能直视重樱的动画。毕竟，EVA都能实现，圣斗士，奥特曼，假面骑士，龙珠什么的应该也能实现吧？
在智子去调查其他地方时，这些被封印了不知多少年的巨大机体，突然微微的动了动手指……
地下城内的考古工作进展顺利，这座遗迹的发现意味着这个世界的火星至少在一亿年前是有生命存在的。这也进一步表明，火星是可以存在生命的。而且另一边的多个木星采矿舰队和土星采矿舰队也在一些星球上有重大发现。他们在多个卫星上也发现了文明遗迹，有的是废弃建筑，有的却是战舰残骸。有的距今一亿多年，也有几千万年，几百万年，几十万年甚至是几万年，几千年，几百年的。
那些三百年左右的遗迹和残骸和方舟人类的科技树有些很大的相似度。通过对部分保存完好的数据中心和飞船黑匣子的数据破解，他们发现了这个世界的过去。
在这个世界真的存在“99战役”，在这个世界的1999年1月1日，这个世界的政府通过天文望远镜发现冥王星附近出现异常情况。那里多了上万个反光点。四个月后，天文学家发现这些反光点似乎正在快速移动，通过计算机数据分析，他们只需要再航行五个月就可以从冥王星轨道到达木星轨道。这个速度比人类目前所有已知探测器速度都快，而且这些反光点似乎并不需要借助引力弹弓，单靠自身动力就可以直接飞这么远。
这一切都表明，这是一支外星舰队，各个国家都爆发了大规模骚乱，经过两个月的武力镇压，全球付出了八千万的生命的代价，镇压了所有闹事的家伙，统一了语言和文字，消除了国境线和国家的概念，联合国被重组成了UED联合政府。那些不发达或者欠发达地区的陆军装备，海军装备，空军装备在五个大区的帮助下进行更新换代。同时，把那些本就不合格的高层和军官全都送进了大牢。整个星球都团结在了一起。各个国家的科学家和各种高精尖生产设备以及高端技术人才都集中在了东亚大区，人类集结了全球的力量对先有武器装备进行更新换代。
在这段时间内，北方大区贡献了他们在冰战时期秘密研究的电磁武器，激光武器，武装空间站，超小型移动核反应堆，小型陆地战舰，天气控制设备，空天战机，对于台风级核潜艇的升级换代铁锤级潜水母舰以及核动力超音速战略轰炸机等武器装备的全部资料和图纸、甚至是原型机。白鹰大区也拿出了超时空传送仪，对土星号的升级：海龙号飞船，隐形战斗机，轨道空降舱，动力装甲，能量护盾，反重力浮空航母，行星防御系统的资料和图纸，至于原型机，他们表示他们还造不出来，模型和精美绘画倒是有不少。这可把北方大区的高层气坏了，要是在坚持一段时间，鹿死谁手还不一定呢，只可惜，那个伟大的国家已经不在了，她倒在了黎明之前……
到了1999年9月26日，外星文明的舰队已经可以通过普通光学天文望远镜观测到了。而此时，人类的五千万陆军，三千万海军，两千万空军已经全部换装完毕。人类虽然没有星际战舰，但是靠着各大地区不计代价的发射火箭，还是组织起了一个庞大的行星轨道防御网。