在正史记载中，仓央嘉措的历史踪迹，戛然而止于青海湖附近。无论是作为一位宗教领袖，还是那个人们喜爱的风流浪子，他的故事似乎都应该在1706年（康熙四十六年）冬天，随着青海湖畔的寒风而逝。
然而仓央嘉措的身影并未定格，关于他的身后事，与他的政治生涯、日常生活一样，即使在正史文献中也充满了语焉不详甚或相互矛盾之处。这里面并不排除当时各方政治势力的有意捏造，更不排除后世人出于某种忌讳的有意篡改。再加上民间传说神秘的演绎，仓央嘉措的身后行踪，更显扑朔迷离。
举一个很简单的例子，一个人的身后事，无非就是死亡地点和死亡时间。按照正史记载，仓央嘉措在被押送北京的途中、路过青海湖附近时亡故，那么，具体地点在哪里呢？翻遍汉藏蒙三文史籍，有“青海道”、“西宁口外”、“青海”、“青海湖”、“黑河附近”、“工噶洛”、“公噶瑙湖”（也做衮噶瑙）等多种记载，这些地点的大致范围都在西宁以西、那曲以北，所以，后世史书干脆通称“青海湖畔”或“青海湖附近”。
然而，仓央嘉措是藏传佛教格鲁派的第六世喇嘛，也是西藏当然的政教领袖，虽然他被押往北京，但在清中央政府议罪之前，至少在名义上他还没到随便哪个小人都可以踩上一脚的地步。这样身份的人，死亡的具体地点怎么会如此语焉不详？
于是，另一种说法便也有考证的价值——没死。正因为没死，所以那些无中生有的人只好随便说个大概地点，又没有一个精确、统一的口径，所以在汉语、藏语和蒙语的不同史籍中，出现了多种记载。
然而这样一来，仓央嘉措的死亡时间又成了疑案了。
同时，既然没死，为什么又有人记载他死了呢？这又怎么解释？
如此，关于他的身后事，给后世留下了一个长达三百年的历史谜团，至今也无定论。
综合正史和野史的记载，关于仓央嘉措的死亡时间和地点，总结起来，有三大类八种之多。
第一类：死亡说，或叫早逝说，也就是认为仓央嘉措于1706年死于青海湖附近。这也是近代宗教、文化研究者比较认同、广泛采用的说法。
这一类观点又分为三种：其一，病逝说，认为他患水肿病故；其二，谋害说，认为他被拉藏汗的和硕特蒙古势力害死。这两种说法是目前认为比较可信的。早年间还存在第三种说法，即自杀说，这种说法十分不可靠，现在几乎没有人持有这种观点。
第二类，非死亡说，也就是目前民间比较流行的“遁去说”。
此类说法又有不同版本：其一，失踪说，认为他自行逃走，民间有他“施力”挣脱刑枷而脱身的记载；其二，放行说，认为押解者迫于两难局面，“恳请”他逃走；其三，营救说，有史料记载他被其他政治势力接走，此后隐姓埋名。
至于他“遁去”之后的事，都落在“阿拉善”。无论是自行逃走，还是被放行走脱，或者被营救而走，无非是“遁去”的方法不一样，到了最后，他的最终归宿都是在贺兰山附近的内蒙古阿拉善旗终老。因此，学界也将几种说法统归为“阿拉善说”。
第三类，五台山说。五台山说又有两个版本，其一是五台山囚禁说，也就是说仓央嘉措被一路押解到北京，后来被康熙皇帝囚禁于五台山终老；其二是五台山隐居说，这个说法实际上是“阿拉善说”的插曲，认为仓央嘉措“遁去”后辗转来到五台山，隐居六年之后，最终又云游到阿拉善去了。
如此纷乱的各种观点，给仓央嘉措1706年后的“身后事”留下了种种谜团，如何穿越层层历史迷雾，找到历史真相呢？
遗憾的是，迷雾是可以穿越的，对史料的质疑、辨别、考证、舍取都是可以做到的，但历史真相，直到现在也无法找到。现代人能够做到的，仅仅是将各类观点逐一理清，努力找到其中可信度较高的部分。
我们先从比较简单的说法入手——五台山说。
很多人认为，这一观点见于近代学者牙含章先生的著作《喇嘛传》。
牙含章（1916～1989年），甘肃和政县人，20岁时曾在格鲁派六大丛林之一的拉卜楞寺学习藏文，之后作为嘉木样活佛的汉文秘书随行到拉萨，并在哲蚌寺学习了寺内藏文佛教古籍。此后，他参加了革命，并在战争时期坚持民族历史的研究。解放后，他曾作为班禅行辕助理代表护送班禅大师进藏，并在西藏工作7年。其后他担任过中国科学院民族研究所所长等职，是我国著名的社会学家、民族学家。
1952年开始，牙含章先生深入研究西藏历史，写成了26万余字的《喇嘛传》和近30万字的《班禅额尔德尼传》。这两部著作一直被现代学者认为是研究喇嘛、班禅额尔德尼两世系活佛生平的信史。
在《喇嘛传》中，关于仓央嘉措的死因和下落，牙含章并未定论，而是并列了死亡、遁去和五台山三种说法，之后紧接着说“西藏人民一直认为仓央嘉措死在青海海滨”。
其中五台山一说，牙含章先生说，这见于藏文的《十三世传》。他简单地归纳为“十三世到山西五台山朝佛时，曾亲去参观六世仓央嘉措闭关静坐的寺庙”。而他看到的藏文原文，翻译过来的大意是：十三世喇嘛曾在五台山朝佛时，于仓央嘉措闭关修行的公亚东山洞中，为纪念这位前辈念诵《大慈悲经》21日。
然而奇怪的是，这一细节在牙含章《喇嘛传》的“十三世喇嘛土登嘉措”一节中丝毫不见记载，只简要地叙述了十三世喇嘛途经五台山的活动，无外乎是讲经说法和会见一些外国使节等。
可见，牙含章并不是倾向于“五台山说”的：在“六世喇嘛”一节中，他只不过是并列出几种民间说法，而非做出结论性意见；在“十三世喇嘛”一节中，他认为“参观遗迹”一事根本不值一提，不宜再做史料记载。况且，牙含章并未明确指出仓央嘉措是“五台山隐居”还是“五台山囚禁”。
因此，凡是用牙含章的《喇嘛传》作为“五台山说”正史证据的，全都是断章取义，绝不能将学者列举的传说、猜测性说法当做他的学术观点。
但是因为在民间，这种观点确实比较流行，虽属无稽之谈，但有必要继续分析一下“五台山说”到底有多大的可信度。
第一，五台山隐居说，可信度非常低，低得简直可以不去考证。
民间的说法中，仓央嘉措“遁去”之后，游历到五台山，找了一个山洞避难。有一天，来了一位姑娘，送他一幅观音画像。他把像挂在壁上，开始念“安像咒”，这时姑娘忽然离地而起，冉冉走入像中。那幅像中的观音开口说道：“不必再念，我已到像中来了！”这时仓央嘉措才醒悟，原来那姑娘是观音的化身。因此，那幅画像被称为“说过话的像”，他修法的山洞被称为“观音洞”。
这种事儿足以让人相信吗？很好笑的是，如果我们什么都信，那就会联想出一件荒唐的事情——在藏传佛教中，喇嘛被视为观音菩萨转世，一个化身遇到另一个化身，竟然不认识，这是什么逻辑呢？
这座“观音洞”，现在山西五台山台怀镇南二里处的一个悬崖上，规模不大，有上、下两院，上院在山上，殿后有天然石洞两个。左洞相传是观音菩萨修行过的地方，右洞相传就是仓央嘉措住过的。而下院在山脚处，据说仓央嘉措也曾在这儿静坐修持过。
很显然，这是个民间传说。几乎所有有佛寺的地方都有类似的故事，更何况五台山这样历史悠久的名胜之地。
说它可信度低，是从情理上推断：仓央嘉措不敢来、五台山不敢收。
从康熙二十二年（1683年）到康熙四十九年（1710年），康熙皇帝五次“巡幸五台山”，此地俨然是半个皇家寺庙基地，寺院管理一定非常严格。虽然清朝前期废除了度牒制度，但却是中国历史上僧官制度最为完备的时期。京师设僧录司，地方上从行省、道到县分三级设立僧纲司、僧正司、僧会司（唯独湖南衡山县破格设省级的僧纲司）。尤其值得注意的是，这些僧务机构都是设置在寺院之内的。这就是说，地方寺院都有政府派来的官员。
那么，一个汉语讲得很可能不太灵光的僧人，跑到五台山这样的皇家宗教重地“挂单”六年，仓央嘉措怎么可能有这样大的胆子？藏在乡野之间尚且提心吊胆，难道他还敢跑到中原腹地、尤其是五台山这样显眼的地方？况且，谁也不知道康熙帝会不会再次“巡幸”，又有哪间寺庙敢收留外来僧人？
“五台山隐居说”更不可信的地方在于，它被“嫁接”到“遁去说”中，成为仓央嘉措四方云游的一段插曲。
第二，五台山囚禁说，可信度不高。至少，囚禁在五台山是不足信的。
首先，如果仓央嘉措被顺利押解到北京，并见到康熙皇帝，康熙皇帝的做法很可能是规劝和教导一番，之后大张旗鼓地送他回西藏。如果秘密处决，或者羁留囚禁，西藏的局势稳定不住，会激起藏民的不满。康熙绝对不会做这样的事情。
这一点在介绍“阿拉善说”时还会详细分析。
其次，即使是对外宣称仓央嘉措已经死在青海，康熙也不大可能将他秘密囚禁在五台山。因为，至少在顺治皇帝派阿旺老藏（也就是康熙皇帝赐号的“清凉老人”）任“总理五台山番汉喇嘛”之前，五台山已经开始了汉、蒙、藏三族共建的局面，康熙时期五台山的藏传佛教寺庙已经不少。
以藏传佛教对喇嘛的尊崇，康熙皇帝将仓央嘉措囚禁于此，岂不是故意激起民族矛盾、惹祸上身？即使仓央嘉措被迫隐匿身份，但这些寺庙的喇嘛们见到一个会说藏语的陌生僧人，难道不会生疑？
况且，如果此说成立，虽然清宫档案可以销毁记录，但没有不透风的墙，至少应该存在两类野史材料：一、某大臣对康熙囚禁仓央嘉措事件的笔记；二、某个五台山喇嘛对仓央嘉措的回忆录。然而，即使这样的野史，现在也没有发现，更别提仓央嘉措用过的东西这样的物证了。
那么，牙含章先生提到的藏文《十三世喇嘛传》的记载到底是怎么回事呢？
据有些学者的推测，真实的情况很有可能是这样的：十三世喇嘛确实在五台山参观了一些寺庙，而当时的汉族地区已经流传出“五台山说”，或者，十三世喇嘛在参观的时候想起了仓央嘉措的命运多舛，不由得凭吊一番，这样，后人误传他参观的寺庙是仓央嘉措住过的，再之后便明目张胆地成为“五台山说”的直接证据了。
为什么十三世喇嘛会想起仓央嘉措、并感同身受般凭吊一番呢？这就要说到他当时的处境。
十三世喇嘛土登嘉措，清光绪二年（1876年）5月出生，20岁时亲政。
在19世纪70年代，毗邻西藏的中国外藩全部被纳入了英国势力范围。1884年，英国开始打西藏的主意，经过多次的试探后，1888年3月，英国终于动用了武力。十三世喇嘛虽然极力抗击侵略者，但得不到的清政府的支持，抗英行动只能以失败告终。1888年是藏历土鼠年，因此藏胞称这次的抗英战争为“土鼠年战争”。
1903年秋，在英国人荣赫鹏的带领下，英军第二次进军西藏，并于1904年8月占领了拉萨。在此之前，十三世喇嘛已经离开拉萨，想去北京求援。但清政府以“贻误兵机，擅离招地”为由，革去了他的喇嘛名号。无奈，他只能改道去蒙古，并在库伦（今蒙古乌兰巴托）滞留到1906年；此后，又暂居青海塔尔寺一年多。他想回西藏，但驻藏大臣不许，他想去北京，又没有了名号，就这样，颠沛流离了三年，他才被允许进京觐见皇帝。
可当他1908年正月途径五台山的时候，清政府那边却没信儿了，他只好在五台山住了半年多。在此期间，德国、日本、美国、沙俄等国使臣和代表不断地来“看望”他，他难免担心这样的“外事活动”会遭到清政府进一步的怀疑和不满。此时的十三世喇嘛，真是内外交困，难免联想起同样命运多舛的仓央嘉措。他们的共同之处是在面临敌对势力的时候，都得不到中央政府的有力支持，一个是当时的“假”，一个是此时的“被革”；一个是当时被押解进京，一个是想进京却受到百般阻挠。此时的十三世喇嘛找间寺庙参观一下，如果恰好听到仓央嘉措“五台山说”的故事，虽然他是不相信的，但记录者笔下的附会之处，也是在所难免。
由此看来，无论是“五台山隐居说”，还是“五台山囚禁说”，几乎都无法成立。
此外，学界还有对“五台山囚禁说”的另外一种批评意见：藏文版《十三世喇嘛传》中确实有他朝拜六世喇嘛遗迹的活动记载，但此处文字仅仅说“六世喇嘛”，并没有明说是仓央嘉措，还是后来的益西嘉措。持此观点的人认为，益西嘉措后来被囚禁在五台山，后人混淆、讹传，流传出仓央嘉措的“五台山囚禁说”；甚至还有好事者要考证益西嘉措最后是否被囚禁在五台山。
首先必须要说明的是，牙含章引用这段文字的时候，明确点出了“仓央嘉措”的字样，分析一件不存在的事儿，根本就是无的放矢。
其次，这种观点不合情理和逻辑，简直就是痴人说梦。