第一任第巴是索南热丹。这人早年随侍过四世喇嘛，后来是五世喇嘛的大管家，他在是否借助蒙古势力的问题上是个主战派，多次怂恿五世喇嘛动用武力，而他也对蒙古势力一味逢迎，是个不折不扣的亲蒙古派，多少有点胳膊肘往外拐的意思。第一任第巴是固始汗亲自任命的，而蒙古人肯定用倾向于自己的人，如此形成惯例后，政务大权就完全落在蒙古人手里了。同时，索南热丹当第巴时简直就是利欲熏心，没起到什么模范带头作用，这让五世喇嘛意识到高级官员任免权的重要性。
索南热丹去世后，由于固始汗早几年已经去世，五世喇嘛开始按照自己的意志任命第巴。他选择的就是自己的坚定追随者、桑杰嘉措的叔叔赤烈嘉措。为了改变政治格局，他还限制了第巴的权力，使这个职位逐渐衍化为喇嘛的宗教活动助手。直到他亲自培养的桑杰嘉措上台后，他才放心地重新赋予第巴人事任免权。
第三任第巴叫罗桑图多，原是五世喇嘛身边处理日常宗教事务的人，不过这人犯了点生活作风错误，和一位贵族小姐谈上恋爱了，只好辞职，后来果真跟那位小姐隐居去了。
他卸任后的三年，五世喇嘛就想任命此时已经23岁的桑杰嘉措。这次任命过程可谓用心良苦。本来，各地提出的候选人里没有桑杰嘉措，但五世喇嘛说占卜算出他排名靠前，之后又反复派人去劝说，并给他放宽条件、消除顾虑、扫清障碍；刘备请诸葛亮是一拍即合，可此时的五世喇嘛更像是“恳求”。但桑杰嘉措很明智，他知道自己年龄不大、威望不高，百般推辞，实在无法了，反而推荐了罗桑金巴。这就是第四任第巴。
不过，罗桑金巴很快就患病不起，第巴的重任其实还真就落在了桑杰嘉措身上。三年任期到了之后，罗桑金巴坚决辞职，这时五世喇嘛铁了心让桑杰嘉措上位。他说几年前的占卜结果还有效，不必再推选候选人了，既然桑杰嘉措还有候选资格，而且当年也是“惜败”，这次就直接任命算了。
但桑杰嘉措还是拒绝。
此后五世喇嘛采取车轮战术，多次派人去劝说，个人劝不成就集体劝，到最后实在劝不动了，干脆自己亲自出面。他的劝说很有意思，有这么几个层次：
一是以情感人，说自己老了，对你还有养育之恩，此时放下架子亲自请你出山，就算以后你做错事我也都不会批评你，看在这个情面上你总不能百般拒绝吧。
二是以理服人，说你不是有出家学佛的心愿吗，有这个决心和愿望是值得鼓励的，但学佛是个漫长的过程，永断轮回之苦谈何容易呢，既然实现不了还不如先帮我两年再说吧。
最后是以条件动人，说你不是觉得自己身体不行、怕耽误工作吗，那么我放宽条件，允许你不上班，在家处理事情也可以，反正你得先就职。
话都说到这份儿上了，但桑杰嘉措还是拒绝。
最后，五世喇嘛又派人做工作，并说出这样的话：“不希望别人来承担，只能死而后已，否则不想罢休……我衷心期望你接受这一任命，除非我不在人世。”这话其实就是说，你再不当，那就把我一个人活活累死算了，但就是这样，我也想让你当。
这次五世喇嘛没等桑杰嘉措拒绝，干脆下发了任命状。桑杰嘉措没办法，也就答应了。
为了确保桑杰嘉措的政治地位，五世喇嘛将他扶上马之后还送了一段路，下发了一份文告。这份文告也是他的遗嘱之一，书写在布达拉宫的墙壁上，并按上了自己的手印。文告中有这样的话：“桑杰嘉措与喇嘛无异”。
如果以上这些还不足以证明五世喇嘛对桑杰嘉措的信任，那么，下面这个事件读起来，就完全有中国历史上皇帝托后、托孤的意味了。此事不但是两位政治家的事业交接，其中的情感交织简直就是中国历史几千年中的君臣典范。
1682年，五世喇嘛病重，正巧桑杰嘉措也生病了，他不顾自己的病体，反而派人带口信给桑杰嘉措说：我的病吃了药已经好转，而你的病却让我很担心，你安心养病，别为我担忧。第二天，他还朝礼神像，为桑杰嘉措祈福消灾。其实，此时的五世喇嘛已经病入膏肓了，可他惦记的竟然是自己的接班人。就在两天之后，五世喇嘛病危，他招来桑杰嘉措，抚摸着他的头，叮嘱他政教两方面需要注意的事项，告诉他如何对待蒙古人，此外，还嘱咐要对他的去世实行匿丧。
如此的知遇之恩，如此的悉心培养，如此的委以后事，怎么能不让桑杰嘉措铭记肺腑、全身以报呢？
他担任第巴期间，确实做出了很多有利于西藏政治、经济、文化、教育和宗教发展的巨大贡献；若论个人政治能力，他也是当时无出其右的政治家之一了。
但他非常清楚的一点是，五世喇嘛的遗愿，是要清除历史遗留问题，也就是当初和硕特蒙古帮着格鲁派打天下、之后却赖着不走、掌握大权的问题。他要做的最重要的事情就是逐步削弱和硕特蒙古在西藏的政治影响，而他的政策是延续五世喇嘛生前的政治思路的，所以才造成了后来大力扶持噶尔丹并百般为他开脱罪名的政治错误。然而就在他坚定不移地往下走的时候，和硕特蒙古出来个厉害角色——拉藏汗，在斗不过的情况下，他选择了鱼死网破，最终身败名裂。
至于匿丧，很多学者和民间传说中认为，这是桑杰嘉措利欲熏心、大权独揽的表现，恰恰说明了他不可告人的目的。也正由此，他编造出了五世喇嘛匿丧的遗嘱。
这个问题可以这样看待：如果确有遗嘱，桑杰嘉措的做法没有错。
如果没有遗嘱呢？他的做法也不见得错。首先，五世喇嘛早就声明“桑杰嘉措与喇嘛无异”，赋予他大权，这是早就公之于众的，他有权对政教事务进行合适的处理；其次，在当时的政治局势下，桑杰嘉措为了完成五世喇嘛的遗愿，就应该大权独揽。如果是出于职责、为了地方和民族的利益、为了建立有利于地方的政治格局，并非为了个人贪欲和政治野心而大权独揽，这有什么错呢？事实上，优秀的政治家不大权独揽，几乎什么事儿都干不成。
退一步来说，就算匿丧手段有些见不得人，可也根本不是桑杰嘉措的发明，这一政治手段早在五世喇嘛在世时就用过。1658年第一任第巴索南热丹去世后，五世喇嘛为了将第巴的任命大权从蒙古人手里夺回来，就匿丧了一年。在这一年，他造舆论、拉同伙，做好了一切准备之后，才任命了桑杰嘉措的叔叔，标志着第巴任命大权划归到格鲁派手中。
为了创造新的政治格局，五世喇嘛可以匿丧，那么，桑杰嘉措匿丧又有什么错呢？
桑杰嘉措的匿丧，难道不可以视为对五世喇嘛政治手段的模仿和继承吗？
事实上，也正是因为桑杰嘉措坚定不移地严格执行五世喇嘛的政治思路，不懂得灵活变通，才走上了绝路。那么，他是怎么样带着仓央嘉措走上这样一条不归路的呢？而在这条路上，仓央嘉措走得心甘情愿吗？
至少，仓央嘉措走的是不开心的；但是，他走得心甘情愿。
这一点貌似很令人费解，但实际上，生活中绝大多数人都走过、或是正在走这样的路，这两点其实没有那么矛盾。而且，所有伟大的人物都必然要走通这条路，虽然不开心、不如意，但坚定的理想和信念支持着他们心甘情愿地走下去。
关键的问题在于，这是条什么路。
桑杰嘉措是一个坚实的五世喇嘛的拥趸，他希望培养出一个像伟大的五世一样的六世喇嘛。至于所有的政治风险，他深知年轻的仓央嘉措是应付不过来的，他情愿自己承担，等仓央嘉措成人时还给他一个已经定型的政治格局。
桑杰嘉措想建立一个什么样的政治格局呢？综合当时西藏的局势，这个政治蓝图大概应该是这样的：以喇嘛为核心的格鲁派宗教集团政府，这个政府不希望由外族势力操纵，但却可以因为喇嘛的宗教权威，使得外族势力对它形成一种“施主”关系。格鲁派对外族势力的态度应该是依靠但不依赖，外族势力对格鲁派的态度应该是联手而不插手。
这个蓝图实际上就是五世喇嘛想完成但没有完成的政治遗愿。
而建立并稳定这样的政治格局，其核心就是一个处于绝对权威地位的喇嘛，因此，桑杰嘉措对仓央嘉措的佛学学习抓得非常严。他清楚只有一个像五世喇嘛那样的大师做宗教上的权威、民意上的领袖，才能真正实现与外族势力的理想关系，所以，喇嘛是个什么样的人，是保障这个政治蓝图实现的根本。
可以说，这个蓝图就是以五世喇嘛为模版设计的。事实上，这个设计图也只能按照五世喇嘛为模版，这既包含了桑杰嘉措的感情因素，也是当时历史发展的必然阶段。
但这个模版有个致命的问题，那就是它太过理想化了。它必然要求继承者既有五世喇嘛的宗教威望，也有高超的政治水平，可这样的人几百年未必出一位，至少，仓央嘉措做不到。况且塑造五世喇嘛伟大一生的历史环境已经完全变化了，靠学习和模仿是培养不出政治领袖的。
继承人该怎么培养，中国历史上开明君主的政治智慧是很高超的，如果是荡平四海、开疆辟土的皇帝，最好选一个会治国的守成之君继位；如果是锐意改革、不惜得罪臣民的皇帝，最好选一个性格温良、人缘好的继承者，大业已定后，绝对不能按照自己的样子当模版设计未来。然而，桑杰嘉措不能这么做，因为此时的格鲁派政权大业未定——和硕特蒙古势力还没有清除掉，清政府的天下还没坐稳，三藩之乱差点丢了半壁江山，对它和准噶尔蒙古，格鲁派应该建立什么关系，桑杰嘉措心里摸不着底。
那么，仓央嘉措对这条路有什么想法呢？年轻的他，心目中的政治蓝图恐怕和桑杰嘉措设计的一模一样，他也想建立一个以喇嘛为核心的政教集团，但这个核心是不是必须是宗教权威，活佛的主要功能是宗教性的还是政治性的，他的思考与桑杰嘉措目标一致，但方法不同。况且，当时的西藏局势也确实混乱，他的方法到底行不行得通，他自己也摸不着底。
当一个人的理想和别人强加给他的实现途径产生了矛盾时，表现在生活方面就是对那条别人安排的道路极度不满。此时的仓央嘉措就是这样。他十分清楚活佛的主要任务和功能都在发生变化，他想努力地适应这种变化，然而，这个宗教理想与他的生活实际是脱钩的。每个人、包括他自己都是想当一个在佛学上有成就、政治上有贡献的领袖，但以当时的情况而论，学佛是可以慢慢来的，并不是最要紧的。同时，参与政治又是上层僧侣不理解、不同意的，毕竟上层僧侣是宗教人士而非政治家，他们很难看到喇嘛的活佛功能和主要任务已经在改变。即使看到了，也是希望仓央嘉措以五世喇嘛为模版，别放松佛教学习。而当时的仓央嘉措，肯定是不太喜欢一门心思钻研佛法的，所以，格鲁派上层僧侣对他的评价是“迷失菩提”，并非民间传说中的“耽于酒色”。
在这条路上，桑杰嘉措和仓央嘉措两人都没错，他们是结伴同行但各有想法的。在历史上，哪怕是有同样目标，但因为对实现方法的意见不同而分道扬镳的事情层出不穷，然而，也有携手并肩、求同存异的例子。比如孙中山和黄兴。
想法在没有实现之前，是没有办法分出高明还是愚蠢的，所以，对待这条路，仓央嘉措走得不太开心，但肯定走得心甘情愿。而且他必须和桑杰嘉措携手走，因为他们的目标是一致的。这就是当桑杰嘉措倒台后，所有人都落井下石，只有他没说话；而拉藏汗除掉了桑杰嘉措后，也必须除掉他的原因。
这就是仓央嘉措的生活谜团。这个谜，不是由他个人的生活方式造成的，而是由对格鲁派发展方向的不同思考造成的。这个时候的格鲁派，处于一个分水岭的状态，此前格鲁派的领袖是宗教性的，此后政治作用越来越明显；此前格鲁派活佛的产生都要看政治势力的脸色，此后活佛可以影响政治势力首领的继承；此前活佛的宗教权威性被政治势力利用，此后活佛的宗教权威逐渐变为自己的政治资本；此前格鲁派与哪股政治势力交好，可以互赠封号，但说实话这封号不值钱，遇到更强的势力时再赠一个就可以了，此后格鲁派的封号值钱了，怎么赠、给谁赠都是个极大的政治问题。
所以，五世喇嘛去世后，格鲁派处就在十字路口，这个政治格局建成什么样、打成什么底儿，决定了格鲁派的未来。此时的桑杰嘉措、仓央嘉措以及格鲁派僧侣集团都想摸着石头过河，找到新的发展方向。
可是，对格鲁派发展的思考，当时任何人都无法得出结论。事实上，一种政治格局的产生，不是由哪一个人设计的，而必然是历史的选择，这就是仓央嘉措和桑杰嘉措的悲剧所在。他与携手并肩的桑杰嘉措努力地想在一切都不明朗的情况下找到一条治理西藏政教事务的新路，但却抵挡不住历史的必然。这个历史的必然，就是任何优秀政治家也无法摆脱的历史规律。
这才是仓央嘉措真实的死因。